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测序完,发现数据量不够、质量低怎么办?

  日期:2014-09-05  浏览:0

很多实验是因为测序数据量不足或者测序质量低而失败, SeqControl 技术是由安大略癌症研究所研发的一项利用少量数据监控和预测高通量测序质量的一项新技术,该技术近日发表在Nature Methods杂志上。


文章第一作者,安大略癌症研究所信息与生物计算实验室负责人,Paul Boutros 表示,很多研究者并不能提前预知测序样品的所得数据量以及测序质量。很多实验也都是因为测序数据量不足或者测序质量低而失败,如该文中提及的“加拿大前列 腺癌基因组计划”(CPC-GENE),因为测序量不足而需要补测数据。Boutros说:“这种失误在科学研究中也许可以接受的,但在临床应用或者产业 中是不允许的。”


出于这种原因,Boutros和他的同事共同开发了SeqControl 技术,用于二代测序的监控与预测。SeqControl 技术可通过总覆盖度,覆盖度分布,碱基覆盖度以及碱基突变四方面共15个质量参数对测序质量进行快速评估。SeqControl 技术在预测测序质量时,所需数据量很少。通过对27个前列腺癌以及26个正常对照组织的全基因组测序分析发现只需要2%的数据即可准确的预测整个实验的测 序质量。


此外,Boutros 表示,通过SeqControl 技术还可以检测测序过程中的细微变化,比如试剂、实验操作和工作人员的不同,都可能被预测为影响测序质量的重要因素。


虽然SeqControl 适用于目前所有的二代测序平台,但是Boutros 依然期望它可以用在第三代测序平台。他说,这样你就可以实时监控并且适当的终止实验。


目前,该技术的研究人员表示,SeqControl 可以用于癌组织和正常对照组织的全基因组测序监控与预测。他们正在努力开发用于外显子测序及染色质免疫共沉淀测序技术的监控技术。


源于 中国基因测序产业网