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脊椎动物基因组计划发布首批15个参考基因组

  日期:2018-09-18  来源:生物通

脊椎动物基因组计划(VGP)的目标是从脊椎动物的每个物种(近66,000种)中选取至少一个个体进行测序。最近,这项计划已经发布了首批15个高质量的参考基因组,包括蝙蝠、鸭嘴兽、猞猁、鸮鹦鹉等。   


脊椎动物基因组计划(VGP)是一个大规模的国际项目,目前总共有来自12个国家50个机构的150多名科学家参与。它的目标是从脊椎动物的每个物种(近66,000种)中选取至少一个个体进行测序。


最近,这项计划已经发布了首批15个高质量的参考基因组,包括蝙蝠、鸭嘴兽、猞猁、鸮鹦鹉等。这些新基因组是迄今为止最完整的基因组,使得高质量动物参考基因组的数量增加了一倍,且连续性、完整性和准确性的水平相当。


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与许多大规模的国际项目一样,脊椎动物基因组计划也选择了Pacific Biosciences的PacBio单分子实时(SMRT)测序来生成各种动物的基因组。当时,他们花了三年时间来选择项目和流程,以打造“白金级”基因组。SMRT正是他们的选择之一。


这些全面的遗传密码目录为研究人员提供了宝贵的资源,可以帮助他们了解各种生物的生物学、生理学、发育和进化,并有助于动物及其栖息地的保护。这也可能对人类物种产生影响。


比如说,蝙蝠是一些致命病毒的天然宿主,包括Ebola和SARS病毒,但不知为何它们能存活下来。了解这一点将增加我们对免疫功能的认识。Bat1K计划的领导者、德国马克斯普朗克研究所的Sonja Vernes表示,从基因组中获得的信息也有助于了解人类衰老,并提高农业生产力和生态系统恢复能力。


“PacBio的长读取测序技术让我们能够以前所未有的质量和分辨率产生蝙蝠基因组,”Vernes在一项声明中表示。“对于了解基因组中的基因及非编码DNA如何影响蝙蝠的奇怪特性,这将是重大一步。”


“以往,对单个动物的完整基因组进行测序需要数百万美元和数年的努力。新的测序技术大大降低了成本,让重建近乎完美的基因组首次成为可能,”该计划成员、美国国家人类基因组研究所的Adam Phillippy谈道。


PacBio的首席科学家Jonas Korlach说:“我们很荣幸与世界级的研究人员合作,生成高质量的参考基因组,并支持VGP这样的大型项目。我们期待继续参与这些项目,以造福科学、社会和环境。”


此外,选择PacBio测序技术的还有万种鸟基因组计划(B10K),它旨在从所有现存的鸟类中产生有代表性的基因组序列草图;以及对国内重要物种进行测序的英国Sanger 25计划和加拿大150测序计划(CanSeq150)等。





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